《素問吳注》是吳崐以王冰二十四卷本爲底本,參考宋臣林億“新校正”,以自身深厚的儒學功底,將現存《素問》一書七十九篇(無刺法論、本病論二篇)原文,逐篇分段予以整理、註釋而成。每篇之首簡述該篇大意,註文比較簡明。在《素問》詮註本中是有較大影響的一種,是研究《內經》必不可少的重要參考書。現有明刻本、日刻本、清刻本等。