《素問吳注》是吳崐以唐·王冰二十四卷本爲底本，參考宋·林億“新校正”，以自身深厚的儒學功底，將現存《素問》一書七十九篇（無刺法論、本病論二篇）原文，逐篇分段予以整理、註釋而成。每篇之首簡述該篇大意，註文比較簡明。在《素問》詮註本中是有較大影響的一種，是研究《內經》必不可少的重要參考書。